心血管外科是国内最早开展心脏外科手术的科室之一。于1965年建院之初建立，自1959年成功开展了低温麻醉下的心内直视巨型房间隔缺损修补手术，此手术当时居国内第三，西北之首；同年又开展了风心病二尖瓣狭窄关闭不全直视成形术，当时在国内尚居首次。近年来，科室得到了长足的进步。现科室设置正式床位55张，其中ICU监护床8张，重病床6张，普通病床41张；配备有先进的体外循环机、呼吸机、主动脉球囊反搏机、ECOM、血液动力学监护仪、血气分析仪、ACT监测仪等现代化设备；科室设有专用心脏手术室、体外循环组、心脏术后监护组、心外手术组及临床实验室。每年实施心脏手术500余例，为广大心脏病患者解除了病痛。

心血管外科是博士学位授予点，拥有副高以上职称临床医生3名，科室现主要开展各种先天性心脏病、风湿性多瓣膜病、冠心病以及各种大血管疾病的外科治疗工作，其中在风湿性多瓣膜疾病、冠心病、大血管疾病、同种主动脉瓣的应用、室缺合并肺动脉高压、婴幼儿先心病手术方面处于国内先进水平

心血管外科一直致力于临床试验研究，已完成《心肌肽心肌保护作用的Ⅳ期临床实验研究》、《胸骨固定器的临床试验研究》等多项临床研究，积极组织科室研究人员定期培训，并通过考试，积极完成临床试验机构专业资格认定的准备工作。